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| Gomphonema affine var. rhombicum E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema americobtusatum E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema angusticephalum E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema astridiae (‘astridae’) E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema bohemicum subsp. angustiminus E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema clavatulum E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema cymbelliclinum E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema daphnoides E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema drutelingense E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema innocens E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema insigniforme E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema interpositum E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema latius (F. Rich) E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema lippertii E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema lippertii E. Reichardt & H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema longilineare E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema maclaughlinii E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema micropus var. aequale (Gregory) E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema paludosum E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema pratense H. Lange-Bertalot & E. Reichardt apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema pseudopusillum E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema roehringeri E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema scoticollegarum H. Lange-Bertalot apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema stonei E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema supersedens E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema utae H. Lange-Bertalot & E. Reichardt apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema variscohercynicum H. Lange-Bertalot & E. Reichardt apud E. Reichardt 1999 |
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| Gomphonema zellense E. Reichardt 1999 |
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